В институте имеется два отделения - Богословское и Церковных Искусств.

  В рамках Богословского отделения действуют кафедра Богословия и кафедра Апологетики и Миссиологоии 

  В рамках отделения Церковных Искусств действуют Иконописная мастерская , Реставрационная мастерская и Кафедра Церковной Музыки    а также факультет Декоративно Прикладного искусства (Златошвейная мастерская "Убрус")

    Планом на все годы обучения предусмотрены четыре цикла дисциплин:  

- Теология (богословие),

- церковные искусства,

- языковый цикл

- общеобразовательный цикл

    Общеобразовательный цикл включает в себя прежде всего гуманитарные дисциплины: философию, экономику (экономику православного прихода), психологию, педагогику, ряд исторических  дисциплин.

   Наряду с гуманитарными, в общеобразовательном цикле представлен ряд естественных и точных наук. Их преподавание при всей вынужденной сжатости курсов преследует своей целью дать студентам элементарный опыт иного, чем профессионально ими усваиваемое знание. Гуманитарные и естественнонаучные дисциплины в своей совокупности должны сформировать у студентов необходимую широту кругозора, предотвратить узкопрофессиональную замкнутость на специальные проблемы.